多个域名同时解析到一个主机上，对搜索引擎是有影响的，但这个影响不是被搜索引擎处罚是会影响你的主站在搜索引擎中的表现,具体的比如说：排名不好、PR值低、收录量少等问题。
对于多个域名如何处理的问题，给您提个建议：
1.使用301重定向功能。关于301重定向的操作需要注意的是：不要将次要网站中的所有网页的流量都重定向到主站上，这样做虽然节省了很多工作量，但是如果用户从搜索引擎上找过来，访问到的网页并不是他想要的内容，就会损失流量。尽可能做到页对页的重定向，保证用户从搜索引擎找过来的网页即使不是绝对匹配也是相关的内容。
2.给次要的网站首页做一个导航,把流量指引到主站上。
3.给次要的域名做URL转发。
在多个域名中如果有某个域名已经被搜索引擎收录了很多页面的话，建议使用第一种方法。如果域名都没有被搜索引擎收录过多页面或者流量很低的话，建议使用第二或者第三种方法。
减少被搜索引擎的惩罚，建议尽量不要用多个域名解析到同一服务器。因为现在建站的成本很低，可以通过站群的模式来进行网络覆盖。
介绍一个网站恢复权重的方法：如果你想你的新站快点排名，可以绑定一个老的权重高的域名，然后做301跳转。这样可以使新站权重快速提升。不过有作弊的嫌疑，慎重行事。